公司扣钱可申请劳动仲裁。依据《劳动法》，公司无权因未参加保安证考试扣钱，此行为违法。不及时处理可能导致权益持续受损，甚至被无故解雇。
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公司扣钱可维权。操作如下：1.与公司沟通，要求解释扣钱原因并提供依据；2.收集证据，如聊天记录、扣钱通知等；3.若沟通无果，向劳动仲裁委员会提起仲裁；4.仲裁不满，可向法院提起诉讼，维护自身权益。
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常见处理方式为申请劳动仲裁或法院起诉。建议先尝试与公司沟通解决，若无果则收集证据提起劳动仲裁；若劳动仲裁未能解决，再考虑法院起诉。